上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。©豆瓣

《黑客帝国1》还比较容易看懂，《黑客帝国2》《黑客帝国3》就很深奥了。造物主（Architect）负责维持母体的平衡，先知则负责引导母体中的人们觉醒。两个人的共同作用下，母体中的人类社会稳定进化，机器人也从中吸取经验。这也是机器人“种植”人类的终极目的，并不仅仅是用人类发电，更是为了学习人类，从而实现进化。锡安之所以存在，也是机器人故意让它存在。机器人无法避免母体出现bug（也就是有人觉...《黑客帝国1》还比较容易看懂，《黑客帝国2》《黑客帝国3》就很深奥了。造物主（Architect）负责维持母体的平衡，先知则负责引导母体中的人们觉醒。两个人的共同作用下，母体中的人类社会稳定进化，机器人也从中吸取经验。这也是机器人“种植”人类的终极目的，并不仅仅是用人类发电，更是为了学习人类，从而实现进化。锡安之所以存在，也是机器人故意让它存在。机器人无法避免母体出现bug（也就是有人觉醒），所以就等他们觉醒、等他们组建反抗军。机器人每隔一段时间就来一次大清洗，把反抗军歼灭，然后再把母体重启。这种大清洗已经进行过5次了，这是第6次了。前5次的结局都是反抗军全军覆没，母体重启，而尼奥的出现让世界首次出现了不同的结局——和平。人类和机器人互利共生，共同进化。但是这种和平又能维持多久呢？(展开)