为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决…… 本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。

福山雅治演师傅还是有些违和感，最好看还是剑心和四乃森苍紫的对决，贴地飞行的神技用得漂亮。结尾四个人围攻志志雄真实，有些胜之不武，借着正义的名欺负一个残疾人，志志雄还是有底线的，没用剑捅死一直死缠烂打的脑残相乐左之助，要是一对一，估计全死光光。