草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。 巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

老子这辈子看过的最伟大的动画片！比第一集还伟大，我日啊！押井守不仅仅是日本最牛逼的动画导演，他根本就是一个牛逼的导演，Period。我从来没有在任何一个片子里面看到如此深刻的关于生命与生死的思考。那一句反反复复出现的“生死去来，棚头傀儡，一线断时，落落磊磊”也包含了无限广阔的佛家禅意。押井守作为导演对于画面与速度的拿捏让人折服。GIS的音乐也是永远让我心醉的。